2002年8月7日，武汉航空公司一架新舟60宜昌三峡机场训练，降落时忘记放起落架，飞机以机腹着陆，无人员伤亡，但飞机严重受损。起落架未放告警系统为美国生产的，告警录音也是美国口音，而飞行员没有及时听明白警告，仍然继续降落。事故导致该机型在中国民航停飞74个月，2008年10月19日才在国内首航。[24][25][26]
2006年8月9日，宜昌三峡机场一架编号B-692L新舟60飞机训练降落时以40节速度冲出跑道20多米，陷入草坪的软泥中，导致机场关闭5小时。无人员伤亡、飞机**伤。[27]
2009年1月11日，菲律宾飞龙航空一架载有24名乘客的RP-C8893新舟60支线飞机早晨从马尼拉出发前往菲中部阿克兰省的卡蒂克兰机场，飞机降落时起落架撞击护栏，飞机急剧左偏在水平空转180度后撞上机场水泥墙。2人重伤，25人轻伤（含地面3人），飞机报废，机场被迫短暂关闭。[28]
2009年6月25日，菲律宾飞龙航空的Z2-863航班注册号RP-C8892的MA60支线客机在菲中部旅游海岛长滩岛的机场顺风降落时接地偏晚，速度偏快，冲出跑道，冲上草地。所幸无人伤亡，飞机停飞。[29]
2009年11月3日，一架津巴布韦航空公司UM239航班新舟60客机在津巴布韦哈拉雷机场（FVHA）起飞滑跑过程中撞上入侵跑道的一头疣猪，左侧主起落架坍塌，左机翼和左发动机受损，飞机滑出几百米，冲出跑道。左翼严重弯曲，左侧螺旋桨损坏，桨叶撞到机身左边。机身因为螺旋桨桨叶撞击和在跑道滑行而严重受损。所有34名乘客全部安全撤下飞机。一些乘客不认同疣猪的说法。 [30]
2010年7月14日，一架印度尼西亚鸽记航空公司新舟60，在马塔兰市的机场由于客舱中的短路取消了到登巴萨的航班，无人员伤亡。[31]
2011年2月19日，一架印度尼西亚鸽记航空公司使用东安发动机公司的WJ5A-1引擎的新舟60客机（注册号PK-MZJ）在印尼古邦机场（WATT）25号跑道准备调头起飞时从左侧偏离跑道，没有人员受伤。[32]
2011年3月18日，一架玻利维亚空军下属的TAM航空公司注册号FAB-96新舟60客机，在向玻利维亚鲁雷纳瓦克机场（SLRQ）降落过程中起落架系统失效无法放下，飞机被迫机腹着陆，无人员伤亡，飞机严重损坏。 这架飞机是2008年2月21日交付的。[33]
2011年5月7日，印尼鸽记航空MZ8968航班(注册号PK-MZK使用东安发动机公司的WJ5A-1引擎的新舟60客机)在西巴布亚省凯马纳机场（Kaimana Airport）因人员操作失误在降落过程中坠海[34]，飞机断成两截沉入海底，机上27人全部遇难。据悉事故发生时当地正下雨并伴有浓雾。据报道这架飞机是2010年12月1日交付的。[35]
2013年6月10日9时40分，一架注册号PK-MZO乘载52人的印尼鸽航公司客机在印尼东部东努沙登加拉省首府古邦无前轮迫降，2人受伤。该M-60型飞机机身断裂，损坏严重恐无法再修复使用。[36]
2014年2月4日18时29分，一架航班号为JR1533的幸福航空从太原飞往合肥经停郑州的新舟60客机，在郑州新郑国际机场成功降落后滑行过程中前起落架缓慢收起，无人员伤亡。[37]
2014年2月25日16时42分，一架载有30多名乘客，航班号为BK2870的奥凯航空B-3710号新舟60从天津滨海国际机场起飞。飞抵沈阳桃仙国际机场上空准备降落时，由于左起落架“放下锁好”指示故障，无法确认起落架是否放下锁好，不得不盘旋耗油。19点40分左右，飞机低飞通场，机场确认起落架已经放下。20时18分，飞机正常降落。[38]
2014年12月11日中午14点50分左右。幸福航空公司一架编号B-3453的新舟60型客机（航班号JR1518），在由银川飞往太原经停榆林的过程中，因起落架发生故障在榆林机场迫降，客机安全降落，包括机组人员在内的45名机上人员无一受伤。[39]
2015年5月10日中午11点57分左右。幸福航空公司一架编号B-3476新舟60型客机（航班号JR1529），在福州长乐国际机场降落事故，45名乘客与7名机组人员成功撤离，有5人受伤。5月13日民航局组织召开紧急安全视频会，会上对幸福航空合肥福州航班冲出跑道事件调查结果进行通报，主要原因是机组违规操作，38英尺油门低于飞行慢车，28英尺已收至地面慢车（产生负拉力），飞机在距跑道入口255米处接地，接地下降率最大值1552英尺/分钟，接地最大垂直加速度6个G，接地后飞机向右侧偏出跑道，整个机翼水平面向前倾斜约20度，机翼后部的中央翼盒连接处脱离机身上翘，发动机前部下垂擦地，机身中后折断，左右螺旋桨桨叶全部打断，右发一桨叶插入右机身下部。[40][41]与2013年印尼鸽航事故原因相同。
2015年11月13日下午14时，老挝Lao Skyway航空一架从从老挝琅勃拉邦国际机场起飞的新舟60飞机（注册号为RDPL-34226，航班号LLL265）在首都万象瓦岱国际机场降落时冲出了跑道。事故没有造成人员伤亡。[42]
2016年5月3日上午，一架航班号为BK2863的奥凯航空新舟60型飞机，于7点40分在长沙黄花机场起飞后不久因机械故障返航，在经过三次降落尝试后，于8时50分安全返回黄花机场[43]。
